Según información proporcionada por el Gobierno de México la acuaponía consiste en la integración de dos métodos de cultivos: la acuacultura, que involucra el cultivo de especies acuáticas y la hidroponía, para la producción de cultivos vegetales con base en soluciones nutritivas.
La crianza de animales acuáticos mediante acuaponía permite que al mismo tiempo se cultiven plantas. En este sistema los peces expulsan desechos que son ricos en nutrientes, que son ocupados como fertilizante para las plantas. Al mismo tiempo, las raíces purifican el agua cuando retiran dichos nutrientes.
Se dice que este método es muy útil en zonas urbanas, pero sobre todo en zonas donde el suelo es pobre y el agua escasa, ya que con este método se cuida el agua y no se impacta el suelo.
Según la Secretaría de Agricultura y Desarrollo Rural, el sistema acuapónico presenta numerosas ventajas económicas, sociales y ambientales y se muestra como una alternativa capaz de contribuir a la seguridad alimentaria, sobre todo de una manera sustentable.
Con información presentada por Derwent Group, el funcionamiento de las granjas de acuaponia prácticamente consiste en uno o varios tanques para peces, a partir de ahí el flujo de agua se conduce a equipos de filtrado mecánico y posteriormente a un proceso de biofiltrado para después pasar a los canales de cultivo hidropónico, de este modo los desechos metabólicos que los peces generan pueden ser utilizados como nutrientes para el cultivo de plantas.